武汉大学中南医院小儿外科是以小儿普外、小儿泌外、胎儿新生儿外和小儿肿瘤四个亚专科疾病为主的临床专科，开放床位40张，其中VIP病房2间。所属妇儿中心还配备设备齐全的NICU和PICU。科室配备小儿膀胱镜、输尿管镜和腹腔镜等设备及数码工作站，常规开展各亚专业疾病的微创检查及治疗，特别是新生儿、小婴儿的内镜手术，具有创伤小、恢复快，无瘢痕的优点，处于国内领先水平。
小儿普外亚专业常规开展腹腔镜巨结肠根治术、腹腔镜胆总管囊肿切除+肝总管Roux-en-y吻合术、肠旋转不良ladd’s术等，同时对小儿急腹症如：腹股沟嵌顿疝、阑尾炎、肠套叠、肠梗阻等的诊断和腹腔镜微创治疗有丰富的临床经验。
小儿泌外亚专业常规开展腹腔镜下肾盂输尿管成形术、肾切除术；腹腔镜下输尿管膀胱再植术；腹腔镜隐睾一期睾丸下降固定术等手术，具有损伤打击小、恢复快的特点。在各类生殖系统畸形，尤其在重度尿道下裂的治疗上更有独创经验。
小儿肿瘤亚专业对各类肾上腺肿瘤、肾肿瘤等腹膜后肿瘤，肝脏肿瘤、神经母细胞瘤、淋巴管瘤、畸胎瘤、睾丸肿瘤等采取手术综合治疗。
胎儿新生儿亚专业采用腹腔镜微创技术治疗各种消化系统先天性畸形，如中高位肛门闭锁腹腔镜一期肛门成形、肠闭锁、肥厚性幽门狭窄、十二指肠梗阻等，达国内领先水平；同时开展新生儿产时手术，如脐膨出、腹裂一期手术，均达国际一流水平。
湖北省内率先开展第四代Davinc机器人微创手术治疗，在国内首家成功完成单孔机器人手术，并逐渐开展机器人辅助日间手术。开展多学科合作，与神经外科联合进行脑室—腹腔分流术，承担肝肾移植术后患儿常规治疗护理。曾多次受邀赴中央电视台及省市电台录制专题儿童健康宣教节目。并与美国芝加哥大学儿童医院专家定期进行学术交流，合作开展临床科研项目。
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